Il programma Alcotra prevede tre procedure attuative:

• Progetti di cooperazione singoli: sono proposte puntuali che si riferiscono a una sola misura, presentate da almeno due partner, uno italiano e uno francese. I partner si impegnano reciprocamente con una Convenzione di cooperazione, designando un capofila unico che coordinerà il partenariato e lo rappresenterà di fronte alle istanze del Programma.

• Progetti strategici: sono progetti “pubblici” di notevole rilevanza, che richiedono competenze di tipo istituzionale e politico, e i cui impatti interessano l’intera area transfrontaliera o gran parte di essa. Tali progetti sono finalizzati ad approfondire problematiche di interesse comune e a valorizzare le potenzialità di sviluppo di particolari ambiti e settori economici. I promotori di tali progetti sono le Regioni e le Province per l’Italia, lo Stato, le Regioni e i Dipartimenti per la Francia.

• Piani integrati transfrontalieri (PIT): sono piani costituiti da un insieme di progetti di cooperazione singoli che riguardano settori e temi diversi (possono quindi riferirsi ognuno a una differente misura del Programma) ma che hanno un comune obiettivo di sviluppo economico e sociale di uno specifico territorio transfrontaliero. L’obiettivo è quello “di ottenere un maggior livello di efficacia degli interventi e di aumentare l’intensità e la qualità della cooperazione attraverso l’allargamento del dialogo e la creazione di reti stabili tra soggetti diversi.”

Si precisa che in relazione ai progetti singoli è in corso una chiusura temporanea del bando.
Il Comitato di Sorveglianza nella riunione del 10.12.08 ha deciso di chiudere temporaneamente il bando perla presentazione di progetti singoli. I termini e le modalità d riapertura saranno definiti nel corso della prossima riunione del Comitato prevista per il giugno 2009.

Per i Piani Integrati Transfrontalieri (PIT) il bando è attualmente chiuso.